Quando um cliente comprar uma passagem em meu site, corro o risco de quando for fazer a emissão encontrar um valor diferente?

Sim, isso pode acontecer.

Entretanto, não é muito comum. Geralmente as cias aéreas não fazem alteração de preço de uma hora para a outra, desde que tenha disponibilidade no voo. Por isso, a MOBLIX sempre recomenda que as agências de viagens façam a emissão do bilhete assim que o pagamento for confirmado.

De qualquer forma, isso não é um motivo para preocupação. Caso o valor esteja diferente, basta que a agência de viagens cancele a compra e estorne o pagamento para o cliente, ou lhe dê a opção de pagar a diferença tarifária. Nos termos de uso do site, quando uma pessoa faz a compra, é informado pra ela que se trata apenas de uma reserva. Portanto, o bilhete só é garantido após sua emissão.